1.1 新增

• 整理的\(\LaTeX\)
• cross reference
• 整理的\(\LaTeX\), 2018-05-04

2.1 目录

output:
  html_document:
    toc: true
    toc_float:
      collapsed: false
      smooth_scroll: false

toc_float浮动目录，这个不需要记忆，我倾向大家在这里设置。(RStudio 2018)

2.2 df_print比DT::datatable方便(RStudio 2018)

output:
  html_document:
    df_print: paged

2.3 Code Folding

• code_folding: hide
• code_folding: show 用户可以自己选择隐藏。(RStudio 2018)

2.4 Shared Options

建立一个_output.yaml，这样就不需要重复设置了。 与_output.yaml同一文件夹的.Rmd文件，不需要设置html_document的格式了。(RStudio 2018)

2.5 fig size

---
title: "Habits"
output:
  html_document:
    fig_width: 7
    fig_height: 6
    fig_caption: true
---

参考 Yihui Xie (2018)。

3.1 报错部分

• (Datta 2017, 40)给出的Quoted Texts和flushright没有执行成功。
• (Datta 2017, 57)给出的tabbing环境没有执行成功。我估计是需要在.tex文件声明的话，可以执行，因为\hspace我之前成功使用过。

3.2 上下括号

brace 有弓形的意思。 这里使用

• \overbrace
• \underbrace

\[A = \overbrace{a_1 + a_2 + a_3 }^{\text{Part 1}} + \underbrace{a_4 + a_5 + a_6 }_{\text{Part 2}}\]

• 注意一个是^一个是_

3.3 \mbox{}, \text{}, \mathrm{}比较

在\(\LaTeX\)公式中，字体都是斜体，因此 \mbox{}, \text{}, \mathrm{}可以防止字体斜体。 但是\mbox{}, \text{}会让字体的数学模式消失，然而\mathrm{}不会 (Datta 2017)。 具体见例子， \mbox{A_2}, \text{A_2},\mathrm{A_3}, A_3

\[\mbox{A_2}, \text{A_2},\mathrm{A_3}, A_3\]

我们发现只有A_3是斜体，其余都是正常的。 其次，只有\mathrm{A_3}, A_3保持了下角标。 综上，我们选择\mathrm。

3.4 点点点

\[\ldots, \cdots: i = 1,\ldots,n\] \ldots, \cdots: i = 1,\ldots,n，推荐使用\(\ldots\)，更符合印刷体。

3.5 conditioning的书写

\[\frac{\partial f(x)}{\partial x} |_{x=0} = f^{\prime} (0)\] \frac{\partial f(x)}{\partial x} |_{x=0} = f^{\prime} (0): 这里使用|_{x=0}而非|x=0

3.6 自定义函数

\newcommand{变量名称}{变量内容}

例如， \newcommand{\bs}{\backslash}表示用\bs表示\backslash

比如

\(\backslash: 这是一个自定义的函数\)

3.7 to-do

\surd: \(\surd\) (Datta 2017, 253)

3.8 等号对齐

\[\begin{alignat}{2} 1 + 1 & = 2\\ 1 + 10 & = 11\\ \end{alignat}\]

3.9 mathbb

在\(\LaTeX\)中是使用\mathbb{}函数实现的有

1. indicator function \(\mathbb{I}\)
2. 实数集合 \(\mathbb{R}\) (Wikibooks 2014)

3.10 箭头 Arrow

参考 Frank (2012) 箭头相关的\(\LaTex\)代码。

library(rvest)
xml <- read_html('http://www.sascha-frank.com/Arrow/latex-arrows.html')
library(glue)
xml %>% 
    html_nodes('td') %>% 
    html_text() %>% 
    str_subset('\\\\[A-z]{1,}') %>% 
    paste0('+ \`',.,'\`',': $',.,'$') %>% 
    # str_replace_all('\\$','$') %>% 
    # 这一步还是需要手动去剔除，不能用正则化
    paste(collapse = '\n') %>% 
    write_file('latex.txt')

参考 Xie (2018b) 安装相应地 \(\LaTex\) 包。

library(tinytex)
tlmgr_search('/stmaryrd.sty')
tlmgr_install('stmaryrd')
tlmgr_update()  

tlmgr_search('/MnSymbol.sty')
tlmgr_install('MnSymbol')

• \uparrow: \(\uparrow\)
• \downarrow: \(\downarrow\)
• \Uparrow: \(\Uparrow\)
• \Downarrow: \(\Downarrow\)
• \updownarrow: \(\updownarrow\)
• \Updownarrow: \(\Updownarrow\)
• \leftarrow: \(\leftarrow\)
• \rightarrow: \(\rightarrow\)
• \leftrightarrow: \(\leftrightarrow\)
• \Leftrightarrow: \(\Leftrightarrow\)
• \Leftarrow: \(\Leftarrow\)
• \Rightarrow: \(\Rightarrow\)
• \longleftarrow: \(\longleftarrow\)
• \longrightarrow: \(\longrightarrow\)
• \Longleftarrow: \(\Longleftarrow\)
• \Longrightarrow: \(\Longrightarrow\)
• \longleftrightarrow: \(\longleftrightarrow\)
• \Longleftrightarrow: \(\Longleftrightarrow\)
• \nwarrow: \(\nwarrow\)
• \nearrow: \(\nearrow\)
• \swarrow: \(\swarrow\)
• \searrow: \(\searrow\)
• \mapsto: \(\mapsto\)
• \longmapsto: \(\longmapsto\)
• \hookleftarrow: \(\hookleftarrow\)
• \hookrightarrow: \(\hookrightarrow\)
• \leftharpoonup: \(\leftharpoonup\)
• \rightharpoonup: \(\rightharpoonup\)
• \leftharpoondown: \(\leftharpoondown\)
• \rightharpoondown: \(\rightharpoondown\)
• \rightleftharpoons: \(\rightleftharpoons\)
• \twoheadleftarrow: \(\twoheadleftarrow\)
• \twoheadrightarrow: \(\twoheadrightarrow\)
• \Lsh: \(\Lsh\)
• \Rsh: \(\Rsh\)
• \leftleftarrows: \(\leftleftarrows\)
• \rightrightarrows: \(\rightrightarrows\)
• \upuparrows: \(\upuparrows\)
• \downdownarrows: \(\downdownarrows\)
• \rightleftarrows: \(\rightleftarrows\)
• \leftrightarrows: \(\leftrightarrows\)
• \Lleftarrow: \(\Lleftarrow\)
• \Rrightarrow: \(\Rrightarrow\)
• \leftarrowtail: \(\leftarrowtail\)
• \rightarrowtail: \(\rightarrowtail\)
• \rightsquigarrow: \(\rightsquigarrow\)
• \leftrightsquigarrow: \(\leftrightsquigarrow\)
• \looparrowleft: \(\looparrowleft\)
• \looparrowright: \(\looparrowright\)
• \circlearrowleft: \(\circlearrowleft\)
• \circlearrowright: \(\circlearrowright\)
• \curvearrowleft: \(\curvearrowleft\)
• \curvearrowright: \(\curvearrowright\)
• \upharpoonleft: \(\upharpoonleft\)
• \upharpoonright: \(\upharpoonright\)
• \downharpoonleft: \(\downharpoonleft\)
• \downharpoonright: \(\downharpoonright\)
• \nleftarrow: \(\nleftarrow\)
• \nrightarrow: \(\nrightarrow\)
• \nLeftarrow: \(\nLeftarrow\)
• \nRightarrow: \(\nRightarrow\)
• \nleftrightarrow: \(\nleftrightarrow\)
• \nLeftrightarrow: \(\nLeftrightarrow\)
• \overleftarrow{Text}: \(\overleftarrow{Text}\)
• \overrightarrow{Text}: \(\overrightarrow{Text}\)
• \underleftarrow{Text}: \(\underleftarrow{Text}\)
• \underrightarrow{Text}: \(\underrightarrow{Text}\)
• \overleftrightarrow{Text}: \(\overleftrightarrow{Text}\)
• \underleftrightarrow{Text}: \(\underleftrightarrow{Text}\)
• A \xLongleftarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B: $A B $
• A \xLongleftarrow{\text{ganz langer text}} B: $A B $
• A \xLongrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B: \(A \xLongrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B\)
• A \xLongrightarrow{\text{ganz langer text}} B: $ A B$
• A \xLongleftrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B: \(A \xLongleftrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B\)
• A \xLongleftrightarrow{\text{ganz langer text}} B: \(A \xLongleftrightarrow{\text{ganz langer text}} B\)
• A \xLeftrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B: \(A \xLeftrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B\)
• A \xLeftrightarrow{\text{ganz langer text}} B: \(A \xLeftrightarrow{\text{ganz langer text}} B\)
• A \xlongleftrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B: \(A \xlongleftrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B\)
• A \xlongleftrightarrow{\text{ganz langer text}} B: \(A \xlongleftrightarrow{\text{ganz langer text}} B\)
• A \xlongrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B: \(A \xlongrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B\)
• A \xlongrightarrow{\text{ganz langer text}} B: \(A \xlongrightarrow{\text{ganz langer text}} B\)
• A \xlongrightarrow{} B: \(A \xlongrightarrow{} B\)
• A \xleftrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B: \(A \xleftrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B\)
• A \xleftrightarrow{\text{ganz langer text}} B: \(A \xleftrightarrow{\text{ganz langer text}} B\)
• A \xlongleftarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B: \(A \xlongleftarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B\)
• A \xlongleftarrow{\text{ganz langer text}} B: \(A \xlongleftarrow{\text{ganz langer text}} B\)
• A \xlongleftarrow{} B: \(A \xlongleftarrow{} B\)
• A \xleftarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B: \(A \xleftarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B\)
• A \xleftarrow{\text{ganz langer text}} B: \(A \xleftarrow{\text{ganz langer text}} B\)
• A \xrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B: \(A \xrightarrow[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B\)
• A \xrightarrow{\text{ganz langer text}} B: \(A \xrightarrow{\text{ganz langer text}} B\)
• A \xlongequal[\text{unten Text}]{\text{oben Text}} B: $A B $
• A \xlongequal{\text{ganz langer text}} B: $A B $
• \Rsh: \(\Rsh\)
• \Lsh: \(\Lsh\)
• \Rsh: \(\Rsh\)
• \rotatebox[origin=c]{90}{$\Rsh$}: \(\rotatebox[origin=c]{90}{\)\(}\)
• \rotatebox[origin=c]{180}{$\Rsh$}: \(\rotatebox[origin=c]{180}{\)\(}\)
• \rotatebox[origin=c]{270}{$\Rsh$}: \(\rotatebox[origin=c]{270}{\)\(}\)
• \Lsh: \(\Lsh\)
• \rotatebox[origin=c]{90}{$\Lsh$}: \(\rotatebox[origin=c]{90}{\)\(}\)
• \rotatebox[origin=c]{180}{$\Lsh$}: \(\rotatebox[origin=c]{180}{\)\(}\)
• \rotatebox[origin=c]{270}{$\Lsh$}: \(\rotatebox[origin=c]{270}{\)\(}\)
• \rightarrow oder \to: \(\rightarrow oder \to\)
• \Rightarrow: \(\Rightarrow\)
• \longrightarrow: \(\longrightarrow\)
• \Longrightarrow: \(\Longrightarrow\)
• \mapsto: \(\mapsto\)
• \longmapsto: \(\longmapsto\)
• \hookrightarrow: \(\hookrightarrow\)
• \rightharpoonup: \(\rightharpoonup\)
• \rightharpoondown: \(\rightharpoondown\)
• \twoheadrightarrow: \(\twoheadrightarrow\)
• \Rsh: \(\Rsh\)
• \rightrightarrows: \(\rightrightarrows\)
• \Rrightarrow: \(\Rrightarrow\)
• \rightarrowtail: \(\rightarrowtail\)
• \rightsquigarrow: \(\rightsquigarrow\)
• \looparrowright: \(\looparrowright\)
• \circlearrowright: \(\circlearrowright\)
• \curvearrowright: \(\curvearrowright\)
• \nrightarrow: \(\nrightarrow\)
• \nRightarrow: \(\nRightarrow\)
• \rhookrightarrow: \(\rhookrightarrow\)
• \dashedrightarrow: \(\dashedrightarrow\)
• \leadsto: \(\leadsto\)
• \rcurvearrowright: \(\rcurvearrowright\)
• \rcirclearrowright: \(\rcirclearrowright\)
• \lcirclearrowright: \(\lcirclearrowright\)
• \nhookrightarrow: \(\nhookrightarrow\)
• \nrhookrightarrow: \(\nrhookrightarrow\)
• \nrightharpoonup: \(\nrightharpoonup\)
• \nrightharpoondown: \(\nrightharpoondown\)
• \ndashedrightarrow: \(\ndashedrightarrow\)
• \nrightrightarrows: \(\nrightrightarrows\)
• \nleadsto: \(\nleadsto\)
• \nrightrsquigarrow: \(\nrightrsquigarrow\)
• \ncurvearrowright: \(\ncurvearrowright\)
• \nrcurvearrowright: \(\nrcurvearrowright\)
• \nrcirclearrowright: \(\nrcirclearrowright\)
• \nlcirclearrowright: \(\nlcirclearrowright\)
• \ncirclearrowright: \(\ncirclearrowright\)
• \nmapsto: \(\nmapsto\)
• \nRrightarrow: \(\nRrightarrow\)
• \leftarrow bzw. \gets: $bzw. $
• \Leftarrow: \(\Leftarrow\)
• \longleftarrow: \(\longleftarrow\)
• \Longleftarrow: \(\Longleftarrow\)
• \hookleftarrow: \(\hookleftarrow\)
• \leftharpoonup: \(\leftharpoonup\)
• \leftharpoondown: \(\leftharpoondown\)
• \twoheadleftarrow: \(\twoheadleftarrow\)
• \Lsh: \(\Lsh\)
• \leftleftarrows: \(\leftleftarrows\)
• \Lleftarrow: \(\Lleftarrow\)
• \leftarrowtail: \(\leftarrowtail\)
• \looparrowleft: \(\looparrowleft\)
• \circlearrowleft: \(\circlearrowleft\)
• \curvearrowleft: \(\curvearrowleft\)
• \nleftarrow: \(\nleftarrow\)
• \nLeftarrow: \(\nLeftarrow\)
• \leftmapsto: \(\leftmapsto\)
• \lhookleftarrow: \(\lhookleftarrow\)
• \dashedleftarrow: \(\dashedleftarrow\)
• \leftlsquigarrow: \(\leftlsquigarrow\)
• \nleftmapsto: \(\nleftmapsto\)
• \lcurvearrowleftt: \(\lcurvearrowleftt\)
• \rcirclearrowleft: \(\rcirclearrowleft\)
• \lcirclearrowleft: \(\lcirclearrowleft\)
• \ntwoheadleftarrow: \(\ntwoheadleftarrow\)
• \nleftarrowtail: \(\nleftarrowtail\)
• \nhookleftarrow: \(\nhookleftarrow\)
• \nlhookleftarrow: \(\nlhookleftarrow\)
• \nleftharpoonup: \(\nleftharpoonup\)
• \nleftharpoondown: \(\nleftharpoondown\)
• \ndashedleftarrow: \(\ndashedleftarrow\)
• \nleftleftarrows: \(\nleftleftarrows\)
• \nleftlsquigarrow: \(\nleftlsquigarrow\)
• \nleftrsquigarrow: \(\nleftrsquigarrow\)
• \ncurvearrowleft: \(\ncurvearrowleft\)
• \nlcurvearrowleft: \(\nlcurvearrowleft\)
• \nrcirclearrowleft: \(\nrcirclearrowleft\)
• \nlcirclearrowleft: \(\nlcirclearrowleft\)
• \ncirclearrowleft: \(\ncirclearrowleft\)
• \nLleftarrow: \(\nLleftarrow\)
• \xtwoheadrightarrow[\text{oben}]{\text{unten}}: \(\xtwoheadrightarrow[\text{oben}]{\text{unten}}\)
• \xtwoheadleftarrow[\text{oben}]{\text{unten}}: \(\xtwoheadleftarrow[\text{oben}]{\text{unten}}\)
• \xmapsto[\text{oben}]{\text{unten}}: \(\xmapsto[\text{oben}]{\text{unten}}\)
• \xlongequal[\text{oben}]{\text{unten}}: \(\xlongequal[\text{oben}]{\text{unten}}\)
• \xtofrom[\text{oben}]{\text{unten}}: \(\xtofrom[\text{oben}]{\text{unten}}\)

3.11 其他

• \(\hat{oo}, \widehat{oo}\)可能可以消除帽子错位的问题
• \(\vec{o}\)表示向量
• \(\dot{o} = \Delta o\)
• \(a \hspace{20pt} b\): a \hspace{20pt} b。中间必须要指定大小。
• \(\epsilon, \varepsilon\): \epsilon, \varepsilon。明显后面是用来记录回归中的误差项的。
• 其他误差项表示\(\mu, \nu\): \mu, \nu。
• \because: \(\because\)
• \therefore: \(\therefore\)
• \(\text{补集: } \complement_UA\)
• \(\text{交集: } \bigcap\)
• \(\text{并集: } \bigcup\)
• 输入:$${\forall}$$,会显示出\({\forall}\)任意符号
• 输入:$${\exists}$$,会显示出\({\exists}\)存在符号
• \text{abc abc} 用于写文字，里面的空格不需要插入\space(Hughes 2012)
• 关键是\begin和\end加上{alignat}，其中的&和\\类似于矩阵的书写方式。
• \(\mathrm{d}x\),$\mathrm{d}x$, 导数 (CSDN 2017)
• \(\mathbb{I}\),$\mathbb{I}$, 指示函数 (CSDN 2017)
• \(\int\),$\int$, 积分 (CSDN 2017)
• \(\iint\), \(\iint\), 积分 (CSDN 2017)
• \(\iint\), \(\iint\), 积分 (CSDN 2017)
• \(\sqrt[p]{a}\), $\sqrt[p]{a}$，n次根 (Stack Exchange 2012)
• \(\LaTeX\) logo 输出方式 $\LaTeX$
• overset可以在\(\LaTeX\)元素上加文字，如$\overset{A}{B}$\(\to \overset{A}{B}\)

\[\begin{alignat}{2} f(x) & = (m+n)^2 \\ & = m^2+2mn+n^2 \\ \end{alignat}\]

\begin{alignat}{2}
f(x) & = (m+n)^2 \\
& = m^2+2mn+n^2 \\
\end{alignat}

一个比较好的参考博客。

• \(\LaTeX\) 各种命令，符号 - CSDN博客

• \ddots\(\ddots\),\vdots\(\vdots\) (Matthes 2011)

4.1 举例说明(MacFarlane 2018)

(@eg1)  例子一，例子一，例子一，例子一。
(@eg2)  例子二，例子二，例子二，例子二。

正如例子(@eg1)所说，例子一，例子一，例子一，例子一。
正如例子(@eg2)所说，例子二，例子二，例子二，例子二。

1. 例子一，例子一，例子一，例子一。
2. 例子二，例子二，例子二，例子二。

正如例子(1)所说，例子一，例子一，例子一，例子一。 正如例子(2)所说，例子二，例子二，例子二，例子二。

4.2 脚注(MacFarlane 2018)

这里会产生一个脚注[^脚注]¹，你可以点击[^脚注]上方的数字查看。

[^脚注]:
这是脚注的第一行。

    缩进两格子这一行会跟着脚注的第一行。
    
        a + b = a + b # 缩进4格，这里产生一行代码

这行没有缩进，所以不会算在脚注里，而是承接上文。

4.3 >空行问题

>引用时，

> 我  
你

我后面加上一个tab就可以实现两行。

我
你

4.4 引用>的深入

多个>，但是只空一行，也是可以整体引用的。

4.5 引用空行问题

引用文段，

>xxx
xxx
xxx

最后会变成

xxx xxx xxx

使用\t

>xxx\t
xxx\t
xxx

最后会变成

xxx
xxx
xxx

替换的快捷方式
\n \(\to\) \t\n

5.1 yaml options

---
title: "Habits"
author: John Doe
date: March 22, 2005
output:
  powerpoint_presentation:
    reference_doc: corp_style.pptx
---

这里类似于docx文档书写，支持模板。

5.2 主要功能

---支持分页 code chunk支持图片命名使用fig.cap=""参数

5.3 分栏

:::::: {.columns}
::: {.column width="40%"}
Content of the left column.
:::

::: {.column width="60%"}
Content of the right column.
:::
::::::

在使用模版的时候，会乱码。

5.4 目录

toc: true

5.5 模板代码

---
title: "Habits"
author: John Doe
date: March 22, 2005
output:
  powerpoint_presentation:
    toc: true
---

# In the morning

## Getting up

- Turn off alarm
- Get out of bed

## Breakfast

- Eat eggs
- Drink coffee

# In the evening

## Dinner

- Eat spaghetti
- Drink wine

---

```r, cars, fig.cap="A scatterplot.", echo=FALSE
plot(cars)
```

## Going to sleep

- Get in bed
- Count sheep

## Multi-column layout

:::::: {.columns}
::: {.column width="40%"}
Content of the left column.
:::

::: {.column width="60%"}
Content of the right column.
:::
::::::

展示结果为 ../../../picbackup/Habits.pptx

6.1 details [open|close]和summary建立fold功能

<details open>
<summary> Session Info </summary>  

xxxxxxxxxx
  
</details>

由于这里的参数是open，因此默认的内容是打开的

<details close>
<summary> Session Info </summary>  

xxxxxxxxxx
  
</details>

由于这里的参数是close，因此默认的内容是关闭的。

并且可以对#进行fold。

<details close>
<summary> some text </summary>  

# 123

123

# 123

123

</details>

6.2 自定义的高亮方式 (Robbins 2018, 313)

<style>
.glossary {
color: #0378a9; /* blue */
background-color: red;
}
</style>

Every variety of cabbage had their origin in the wild cabbage of
Europe (<dfn class="glossary"><i>Brassica oleracea</i></dfn>)

Every variety of cabbage had their origin in the wild cabbage of Europe (Brassica oleracea)

<span style="background-color: #FFFF00">需要高亮的字</span>: 需要高亮的字

6.3 插入警告 (Robbins 2018, 322)

<style>
p.warning::before {
content: url(exclamation.png);
margin-right: 6px;
}
p.warning::after {
content: " Thank you.";
color: red;
}
</style>

`content: url(exclamation.png);` 这种需要自己去找好logo的

<p class="warning">We are required to warn you that undercooked food is
a health risk.</p>

content: url(exclamation.png); 这种需要自己去找好logo的

We are required to warn you that undercooked food is a health risk.

7.1 captioner

\ref(...)的使用在pdf文档中，一直存在问题， captioner包是一个替代方案。

library(captioner)

## Warning: 程辑包'captioner'是用R版本3.6.3 来建造的

fig_nums <- captioner(prefix = '图',auto_space = F)
fig_nums("my_first_figure",cite = F)

## [1] "图1: "

fig_nums("my_second_figure",cite = F)

## [1] "图2: "

fig_nums("my_first_figure",cite = F)

## [1] "图1: "

会按照my_first_figure和my_second_figure来记录图片的顺序，且顺序不会乱。 教程可参考 Köhler (2018) 。

7.2 pdf 图片浮动

参考这篇 Stack Overflow

1. 建立一个.tex文件，
2. 命名为preamble-latex.tex，
3. 内容为

\usepackage{float}
\let\origfigure\figure
\let\endorigfigure\endfigure
\renewenvironment{figure}[1][2] {
  \expandafter\origfigure\expandafter[H]
} {
  \endorigfigure
}

1. 在yaml中申明，

output:
  rmarkdown::pdf_document:
    fig_caption: yes        
    includes:  
      in_header: preamble-latex.tex

这篇 博客 的方式无效。 加入/后，标题消失了。

8.1 R chunk 图片参数

{r nice-fig, fig.cap='Here is a nice figure!', out.width='80%', fig.asp=.75, fig.align='center'}

9.1 把.Rmd的文档提取出来建立.R文档

用purl建立反编织。 cheatsheet，打印 可以设计是否需要文字或者不需要。

library(knitr)
purl("test.Rmd")
purl("test.Rmd", output = "test2.R", documentation = 2)

9.2 有限显示表格

cols.print=3, rows.print=3 在r框中设定，这个比什么head()好用多了。

9.3 一些有用的markdown

• 1
• 2
  • 3
  • 4

+ 1
+ 2
    + 3
    + 4

只要间隔两个tab，就可以写细分的点了。

superscript²

superscript^2^

subscript₂

subscript~2~

9.4 knit style 的选择

---
output: 
  html_document: 
    theme: cosmo
---

9.5 待办事项

• \(\boxtimes\) task 1
• \(\square\) task 2
• \(\Box\) task 3

available: $\boxtimes$, $\square$, $\Box$.

• symbols - How to write checkmark in \(\LaTeX\) - TeX - \(\LaTeX\) Stack Exchange only \(\checkmark\), not $\CheckedBox$

• \(\LaTeX\) checkboxes

9.6 用excel刷批量列表

暂时不需要这项技能了，因为可以用+可以批量选择。然后用正则化替换就好。

9.7 Rmd，打出高亮的效果

Marked text <mark>Marked text</mark>

• syntax - text highlight in markdown - Stack Overflow

9.8 代码显示方式

用\``code`框住代码，就可以实现code`，代码显示方式了。

9.9 theme选择

在yaml设置中， theme: cosmo\(\to\)theme: united 可以保持英文字母不“变细”。

9.10 ## References {-}

{-}就不number headings

9.11 自动引用使用过的包

search() %>% 
  str_subset("package:") %>% 
  str_replace_all("package:","")

这个不行，因为会出现一些write_bib没有生成的引用。

write_bib是 (???) 基于citation函数 开发的。

write_bib(x = .packages(), file = "r_pkg.bib",prefix="")

read_csv("r_pkg.bib",col_names = FALSE) %>% 
  rename(value = X1) %>% 
  select(value) %>% 
  filter(value %in% str_subset(value,"@")) %>% 
  mutate(value = str_replace(value, "@Manual\\{","")) %>% 
  .$value %>% 
  paste("@",.,sep="",collapse = ", ") %>% 
  writeLines()

然后将其复制粘贴到正文即可。

9.12 citr使用

这个引用文献非常方便。

9.13 字体变红

<span style="color:red">需要被红的信息</span>

9.14 保留代码，不跑代码。

eval=FALSE

9.15 knitr::opts_chunk$set在setup

直接设置，不需要背诵。

## eval = F

inline 就不能写了。

9.16 bookdown::gitbook主要参数

bookdown::gitbook:
  split_by: none
  self_contained: TRUE
  df_print: paged

• split_by: none: 建立的html文件不拆分
• self_contained: TRUE: 生成的html文件保留样式
• df_print: paged也是可以使用的(Martin 2017)。

9.17 表格加脚注

library(knitr)
library(kableExtra)

## Warning: 程辑包'kableExtra'是用R版本3.6.3 来建造的

## 
## 载入程辑包：'kableExtra'

## The following object is masked from 'package:dplyr':
## 
##     group_rows

mtcars[1:5, 1:6] %>% 
  kable("html") %>% 
  kable_styling() %>% 
  column_spec(5:7,bold = T) %>% # 表格加粗
  row_spec(3:5, bold = T, 
           color = "white", # 字体白色
           background = "#D7261E") %>% # 背景红色
  footnote(
    footnote_as_chunk = T,
    general = "每个变量都有简单的解释。",
    general_title = "备注",
    number = c("mpg: Miles/(US) gallon",
               "cyl: Number of cylinders",
               "disp:   Displacement (cu.in.)",
               "hp: Gross horsepower",
               "drat:   Rear axle ratio",
               "wt: Weight (1000 lbs)"
               ),
    number_title = "变量解释"
  )

函数footnote加脚注(Zhu 2018)。

9.18 将表格存成图片

点击Export并Save as Image

9.19 选择Height = 300即可。`即可。

9.20 .bib一个都不能错

只要.bib出问题，所有都不能跑，花了1h学的教训。

9.21 get_bib函数 for rmarkdown

get_bib <- function(input,output){
  library(knitr)
  library(tidyverse)
  note_bib <- read.table(input, sep="\t") %>%
    mutate(
      pkg = str_extract(V1,"library\\([:alnum:]{2,10}\\)"),
      pkg = str_remove_all(pkg,"library\\(|\\)")
      ) %>%
    filter(!is.na(pkg)) %>%
    distinct(pkg) %>%
    .$pkg
  write_bib(note_bib,file=output,prefix = "")
  type1 <- paste("@",note_bib,sep = "",collapse = ", ")
  type2 <- paste("@",note_bib,sep = "",collapse = "; ")
  return(list(type1=type1,type2=type2))
}

"r get_bib("note.Rmd","note1.bib")$type1" 提供。

9.22 引用用分号

Here is a statement [@key1; @key2].
@key3 did something.
Some examples [e.g. @key4; @key5; but see @key6]

9.23 cross reference

• 章节题目可以按照这个来显示，章节名称 {#haha}
• 交叉引用格式为章节 \@ref(haha)，不要以数字开头

就可以实现了。

• blogdown 直接可以cross reference

• html_document不可以。

• process reading 加上cross reference。 \@ref(other) 看看。 不行

9.24 图片是webp格式

微信的图片是webp格式，不能简单插入，转化方式是通过微信打开，另存为jpeg格式，这是默认的。 目前暂时是手动的。

9.25 引用建立跳转链接 (Xie 2016, 2.8)

link-citations: true

9.26 用render实现格式修改

• 用网页check，最简单的

library(rmarkdown)
render(file.path(dirname(getwd()),'eng_learning.Rmd'),
       word_document(
           highlight = "zenburn",
           reference_docx = "180710_word_note_sample.docx"
       ))

9.27 kable_styling使得表格更好看些

kableExtra::kable_styling函数可以让html下的表格更好看些。

9.28 kableExtra包主要函数解析

library(tidyverse)
library(knitr)
library(kableExtra)
library(formattable)

## Warning: 程辑包'formattable'是用R版本3.6.3 来建造的

mtcars[1:5, 1:6] %>%
  mutate(hp = color_bar("lightgreen")(hp)) %>%
  mutate(disp = ifelse(disp > 200
                       ,cell_spec(disp, "html", color = "red", bold = T)
                       ,cell_spec(disp, "html", color = "green", italic = T))
  ) %>%
  kable("html",escape = F) %>%
  kable_styling(full_width = F) %>%
  row_spec(3:5, bold = T,
           color = "white", # 字体白色
           background = "#D7261E") %>% # 背景红色
  footnote(
    footnote_as_chunk = T,
    general = "每个变量都有简单的解释。",
    general_title = "备注",
    number = c("mpg: Miles/(US) gallon",
               "cyl: Number of cylinders",
               "disp:   Displacement (cu.in.)",
               "hp: Gross horsepower",
               "drat:   Rear axle ratio",
               "wt: Weight (1000 lbs)"
               ),
    number_title = "变量解释"
  )

• formattable::color_bar函数实现柱状图。
• cell_spec可以改变单元格字体的颜色和形状。但是必须满足这两个要求 (朱昊 2018)
  • kable("html",escape = F) %>%
  • kable_styling(full_width = F) %>%

否则出现报错：

Error in xml_children(x)[[search]] : subscript out of bounds

9.29 快速定位，加上#

例如找 archive写入# archive， 就可以避开正文里面含有archive的。

9.30 表格显示

Hi 晓松，

表格问题，我晚上看了一下。

在yaml处设置，

output: html_document: df_print: paged

或者

output: html_notebook

都是可以实现这种可以换页的表格展示方法。

因此你可以尝试下，如果不行我猜是你电脑的版本问题。

那么我建议你使用两个包。

• DT 包的使用技巧，想必你使用过，但是功能略显复杂。
• Tidyverse使用技巧，查询3.37.1.5.3 floor 函数，其中

kable("html") %>% 
kable_styling() %>% 

这两个函数可以完成比较美观的表格展示。

9.31 用于展示

RMarkdown实现静态网页，用于展示，只read_*和include_*，不要跑过程代码，

1. 费时
2. 容易出bug
3. cache=T，导致结果不能更新。

9.32 paged_table

1. 当行数很多，但又必须全部展示的时候，可以使用rmarkdown::paged_table。
   1. options = list(rows.print = 15)可以限定展示的行数(Allaire 2018)
2. 当然也可以展示DT::datatable，但是会占用很多CPU，R session 会闪退。